SARS-CoV-2 nyheter

SARS-CoV-2 pandemin just nu

Publicerad av Thomas Hedner

Status Sverige den 22 mars;

  • 13.262 döda i COVID
  • 7.3% verifierade smittade (744.272)
  • 3.8% vaccinerade med 2 doser
  • 8.9% vaccinerade med 1 dos

  • Sedan början av pandemin har ca 1000 personer dött per månad i Sverige.
  • På årlig basis motsvarar ca 13 gånger antalet döda i "säsongsinfluensa".
  • Vaccinationskampanjer är igång, men storstadsregionerna Stockholm och Västra Götaland släpar efter.
  • Israel, UAE, England och USA har för närvarande vaccinerat störst andel av sina befolkningar.
  • Just nu är 4 vaccin godkända i Sverige; Pfizer BioNTECH, AstraZeneca, Moderna och Janssen. Ytterligare vaccin väntas bli godkända under våren och sommaren.
  • Vissa länder har för närvarande "pausat" AZ vaccinet pga utredningar om biverkningar och dödsfall.
  • Den Brittiska varianten VOC-202012/01 dominerar nu spridningen i Sverige. Den har en 60-70% högre mortalitetsrisk än ursprungsvarianten.
  • De Sydafrikanska och Brasilianska mutationerna har också omfattande spridning i landet, och flera "cluster" har identifierats.
  • De vaccin som nu är tillgängliga, verkar skydd mot allvarliga komplikationer av de nya muterade varianterna som sprids just nu.
  • Omfattande internationell "vaccinoreda", och osäkerhet om vaccinleveranser. Prognoserna för flera vaccinprogram har justerats.

Ytterligare fakta och bakgrund hittar du nedan.

SARS-CoV-2 – virus-fakta

SARS-CoV-2 är ett av flera olika coronavirus som kan infektera människa och resultera i luftvägsinfektioner. Andra virus inom gruppen är tex. det första SARS-CoV viruset som orsakade utbrott i Asien 2003 och MERS-CoV som spreds år 2012 i Mellanöstern, båda med hög dödlighet. Det finns även ett antal andra coronavirus som kan infektera människa, där vissa förekommer som säsongsbundna virus som ger typiska förkylningssymtom. SARS-CoV-2 har en enkel RNA sträng med en storlek av ungefär 26–32 kilobaspar (kbp). Viruspartiklarna har en diameter av ca 120–160 nm, vilket betyder att detta virus är ett stort RNA-virus.
Namnet "coronavirus" härstammar från latinets corona som betyder krona eller korona. Coronavirus har ett antal "spike proteins" eller virala taggar (S) på ytan som är av stor betydelse för hur viruspartikeln binder sig till sin värdcell.
SARS-CoV-2 är ett virus som över tid genomgår genetiska förändringar i sin arvsmassa. Liksom många andra virus förvärvar SARS-CoV-2 viruset olika mutationer över tid, vilket ger upphov till nya varianter. Dessa mutationer sker mer eller mindre hela tiden, och inkluderar bl.a. en process som kallas ”antigenic drift” där enskilda baser i virus RNA byts ut till andra baser. De flesta av dessa punktmutationer är "tysta", dvs de förändrar inte det protein som RNA genomet kodar för. Men av och till kan en mutation resultera i en viktig förändring i delar av virus proteinhölje, vilket kan ge evolutionära fördelar. Sådana fördelar kan exempelvis vara resistens mot naturliga eller syntetiska antikroppar, resistens mot antivirala läkemedel eller förmåga att sprida sig snabbar i grupper av människor.

När en ny variant av SARS-CoV-2 verkar öka i en viss miljö, så brukar den beskrivas som en som en "framväxande variant" (”emerging variant”).
Några av de potentiella effekterna av sådana nya virus-varianter är:
- Ökad överförbarhet
- Ökad sjuklighet
- Ökad dödlighet
- Förmåga att undvika upptäckt i diagnostiska tester
- Minskad känslighet för antivirala läkemedel (om och när sådana läkemedel finns tillgängliga)
- Minskad känslighet för neutraliserande antikroppar, antingen terapeutiska (t.ex. konvalescent plasma eller monoklonala antikroppar) eller i laboratorieexperiment
- Förmåga att undvika naturlig immunitet av en tidigare variant (t.ex. orsaka återinfektioner)
- Förmåga att infektera vaccinerade individer
- Ökad risk för speciella multiinflammatoriska tillstånd, eller kroniska COVID relaterade besvär.
- Ökad affinitet för speciella grupper, såsom barn eller individer med försvagat immunförsvar.

SARS-CoV-2 virus har sedan början av pandemin december 2019 muterat upprepade gånger. Vi vet inte exakt hur många varianter som uppstått under det år som pandemin svept över världen. Man räknar med att SARS-CoV-2 virus i snitt muterar en gång på 400 passager mellan individer. Ett annat sätt att uttrycka det är att ett virus i medeltal muterar två gånger per månad. Det är ungefär halva den mutationstakt som vi ser hos influensavirus och ungefär en fjärdedel av den som förekommer hos HIV.

Kort om aktuella SARS-CoV-2 mutationer – ”Variants of Concern” (VOC)

SARS-CoV-2 varianter som verkar uppfylla ett eller flera av dessa kriterier kan betecknas "variants under investigation" (VUI) eller "variants of interest" (VOI) i väntan på ytterligare verifiering och validering av dessa nya egenskaper. När de väl validerats kan dessa VOI byta namn till "variants of concern” (VOC). Denna klassificering görs för närvarande av övervakningsorganisationer, såsom amerikanska Center for Disease Control (CDC).
Ytterligare en benämning för nya varianter som ibland förekommer är; "Variants under investigation" (VUI).

Det finns ännu ingen fastställd, internationellt accepterad, systematisk eller officiell nomenklatur för benämning av olika SARS-CoV-2 varianter. Hittills har benämningen av de olika SARS-CoV-2 varianterna kopplats till det land där de först identifierades. Men från och med januari 2021 arbetar Världshälsoorganisationen (WHO) på en ny standardnomenklatur för SARS-CoV-2 varianter som inte refererar till en specifik geografisk plats. Om du vill läsa mer om ursprunget till den nomenklatur som finns idag kan du gå till Wikipedia (https://en.wikipedia.org/wiki/Variants_of_SARS-CoV-2).

De första anmärkningsvärda SARS-CoV-2 varianterna

Under den tidiga fasen av SARS-CoV-2-pandemin var den genetiska utveckling blygsam. Men under april 2020 ersattes den ursprungliga SARS-CoV-2-stammen från Wuhan med en ny variant, D614G, i många delar i världen. Denna variant visade sig ha en mer effektiv viral replikation hos människor och var också mer överförbar. Detta beror på att D614G-stammen receptorbindande domänen hos virus interagerar mer effektivt med ACE2-receptorn hos mottagarcellerna i vävnaden i nasofarynx.

Ett halvår senare, i november 2020 upptäcktes i Storbritannien en ny variant som blev allt framträdande. Denna variant VOC202012/01, initialt benämnd B.1.1.7 eller 20I/ 501Y.V1, är den virusvariant som nu är närvarande och sprider sig snabbt i många länder i Europa och globalt. Denna engelska B.1.1.7 variant har multipla mutationer i ”spike”-proteinet och den har också kvar D614G-mutationen. En av mutationerna hos denna engelska variant, N501Y, verkar ytterligare öka interaktionen med ”spike” proteinet i ACE2-receptorn. Epidemiologiska studier tyder på att B.1.1.7 / 20I/ 501Y.V1-stammen överförs 30% till 80% mer effektivt och resulterar i högre nasofaryngeal viral belastning än ”wildtype” stammen av SARS-CoV-2. Oroande är också retrospektiva observationsstudier som tyder på en cirka 30% ökad risk för dödsfall i samband med infektion av denna variant.

Ytterligare en anmärkningsvärd variant, VOC202012/02, 20H / 501Y.V2 eller B.1.351, identifierades först i Sydafrika under sena hösten 2020, där den snabbt har blivit den dominerande stammen. Denna stam har nu identifierats i flera länder utanför Sydafrika, både i Europa och USA. Denna stam, B.1.351, delar D614G- och N501Y-mutationerna med den engelska B.1.1.1.7 varianten, vilket antyder en hög potential för snabb spridning. Den sydafrikanska varianten har multipla mutationer (totalt 9) i ”spike” proteinet, vilket är anmärkningsvärt. Hittills vet man att B.1.351-stammar neutraliseras mindre effektivt av konvalescent plasma från patienter med genomgången coronavirussjukdom (COVID-19) liksom av serum från personer som vaccinerats med tillgängliga vacciner.

Vilka betydelsefulla mutationer - SARS-CoV-2 varianter sprids idag?

De SARS-CoV-2 virustyper som nu cirkulerar i samhället nu har utvecklas och oavbrutet anpassat sig till nya förutsättningar. Ju större spridning av virus, desto fler möjligheter för att mutationer ska uppkomma. De flesta av de mutationer som uppstår i virusets arvsmassa är obetydliga och ökar inte dess möjlighet till spridning. Men av och till uppstår mutationer som ökar smittsamheten. Det är sådana mutationer som kan påverka spridningen och utgöra ett nytt hot.
Det som oroar många experter idag är framför allt ett antal nya varianter av SARS-CoV-2-virus som snabbt sprider sig över världen. De mest framträdande varianterna beskrivs nedan.

Den spanska varianten
Namn: 20A.EU1, B.1.177. Viktig mutation: A222V
Variant 20A eller EU1-varianten, är en variant som först identifierades i Spanien under 2020. Denna variant har en mutation som kallas A222V. Mutationen finns på det virala ”spike” proteinet, som är den komponent i SARS-CoV-2 som binder till en receptor på mänskliga celler som kallas ACE2- receptorn. Denna bindning hjälper viruset att komma in i kroppens celler och infektera dem. ”Spike” proteinet är också den del av virus som humana antikroppar i allmänhet utnyttjar för att bekämpa virusinfektionen.

Den engelska varianten
Namn: 20I/ 501Y.V1, VOC 202012/01, B.1.1.7 Viktig mutation: N501Y, P681H
B.1.1.7-varianten är den variant som nu sprider sig från Storbritannien. I december 2020 meddelade forskare att den kan vara minst 50 % mer överförbar än den ursprungliga varianten. Epidemiologiska data har nu konfirmerat att denna virusvariant snabbt sprider sig, vilket har lett till omfattande internationella reseförbud och ”lock-down” åtgärder. B.1.1.7 varianten har ackumulerat flera olika mutationer på samma gång, hela 17 mutationer, inklusive flera i spikproteinet. En av dem, N501Y, hjälper viruset att binda kraftigare till de cellulära ACE2 receptorerna. Senaste data från England antyder att B.1.1.7-varianten är associerad med en 29 – 36% större dödlighet än den ursprungliga ”wild-type” varianten.

Bristol varianten
Namn: B.1.1.7 VOC-202012/02. Viktig mutation: E484K
Den 2 februari 2021 rapporterade hälsomyndigheter i England att de hade upptäckt ett begränsat antal B.1.1.7 VOC-202012/01 virus varianter med E484K, en mutation som också finns i varianterna från Sydafrika och Brasilien. Den 9 februari 2021 rapporterade myndigheterna att 76 fall med E484K-mutationen hade identifierats. Dessa fall fanns huvudsakligen i Bristol, men det fanns också en distinkt variant i Liverpool området som också bar E484K-mutationen. Den nya "Bristol" varianten kan infektera människor som redan har haft COVID-19 eller som har vaccinerats. Bristol-varianten innehåller alltså E484K-mutationen som troligen kan minska såväl naturlig och vaccinrelaterad immunitet. Utöver ”Bristol varianten”, visar data från Public Health England att flera andra B.1.1.1.7 relaterade varianter, bland annat en från Liverpool, som nu sprids i mellersta England. Flera av dessa varianter innehåller multipla mutationer i SARS-Co-2 virus genom.

New Mexico/Lousiana varianten
Namn: B.1.2 variant, Viktiga mutationer: Q677P, med 4 viktiga subvarianter B.1.2, B.1.234, B.1.1.220, och B.1.1.222
Nyligen publicerade data från New Mexico och Louisiana i USA har identifierat en ny typ förändring i SARS-CoV-2 virus genom, en Q677P-substitution. Denna variant, som härstammar från B.1.2 virus typen, upptäcktes först i USA den 23 oktober 2020. Mellan den 1 december 2020 och 19 januari 2021 fann man Q677P varianten f i 27,8% respektive 11,3% av alla SARS-CoV-2 prover som sekvenserades i en studie från Louisiana och New Mexico. Fynden visar på en utveckling av en ny typ av S: 677 polymorfismer som potentiellt ger en ökad affinitet för ACE2) receptorn och därmed påverkar virus upptag i cellen. Dessa varianter sprids nu snabbt i USA.

California varianten
Namn; CAL.20C, VUI 20C/L452R; VOC B.1.427/B.1.429, Viktiga mutationer L452R
Denna coronavirusvariant uppstod troligen i maj 2020 varefter den spreds till att bli den dominerande stammen i Kalifornien, USA. Den sprider sig inte bara lättare än sina föregångare utan verkar också kunna undvika antikroppar som genereras i samband COVID-19-vaccination eller tidigare infektion.
California varianten har 3 aminosyraförändringar i spikproteinet: S13I, W152C och L452R.
En relativt liten studie på 324 sjukhusvårdade patienter vid UCSF antyder att infektion med California varianten också kan vara förknippad med svår sjukdom och död. I denna preliminära studie fann forskare att 21% av de patienterna som hade B.1.427 / B.1.429 hade större risk att hamna i intensivvård (ICU) och 11 gånger högre risk att dö.
Denna variant har ännu inte inkorporerat de gen-variationer som finns i den ”engelska” varianten eller ” New Mexico/Lousiana varianten”, men det är ett scenario som nu diskuteras bland forskare.

Den brasilianska varianten
Namn: B.1.1.28, VOC202101/02, 20J / 501Y.V3, P.1 Viktiga mutationer: E484K, K417N / T, N501Y
P.1-varianten (eller B.1.1.28) har engagerat forskare eftersom den har två anmärkningsvärda mutationer som kan göra den mer aggressiv. Spridning har för närvarande bekräftats till ett flertal länder i Sydamerika, Nordamerika, Asien och Europa.
Denna brasilianska SARS-CoV-2 variant upptäcktes först i Japan den 6 januari 2021 hos fyra personer som anlände till Tokyo efter besök i Amazonas i Brasilien fyra dagar tidigare. Den 12 januari bekräftade Brasiliens hälsomyndigheter förekomst i Manaus. Vad som är anmärkningsvärt med denna nya variant är att den inte hittades i några sekvenserade prover mellan mars till november 2020 från Manaus i Amazonas. Däremot fanns den i 42% av de prover som insamlats från Amazonas under december 2020. Den nya P.1-varianten (eller B.1.1.28) verkar också kunna undvika immunsvaret och återinfektera en person som har återhämtat sig från tidigare SARS-CoV-2 infektion.

Den sydafrikanska varianten
Namn: VOC202012/02, 501Y.V2 även känd som 20H / 501Y.V2 (tidigare 20C / 501Y.V2). Viktig mutation: N501Y
Denna variant identifierades först i Nelson Mandela Bay, Sydafrika, vid provtagning i början av oktober 2020. Sedan dess har 501Y varianten upptäckts i flera länder i Afrika, Asien och Europa. Varianten har även identifierats i USA, Kanada och PR Kina. Den sydafrikanska varianten har flera mutationer i spikproteinet, inklusive N501Y. De vi ännu inte vet är om denna variant är associerad med förändrad morbiditet och mortalitet.

Även vaccinerade kan sprida smittan
Dagens vaccindebatt handlar i stor utsträckning dels om skydd mot SARS-CoV-2 virusinfektionen i sig, och dels om skydd mot utveckling av allvarlig COVID-19 sjukdom.
När det gäller risken att smittas av de nya varianterna, så finns det ännu inga konklusiva bevis för att någon av de nuvarande Covid-19-vaccinerna helt kan hindra människor från att smittas av virus, även om virusmängden verkar vara avsevärt reducerad. Som ett resultat av detta, så måste man räkna med att även vaccinerade personer omedvetet kan bära och sprida SARS-CoV-2.
I en studie som initierats av forskare från University of Oxford, undersöks effekten av en kombination av olika vacciner mot COVID-19. Förhoppningen är att en individ som vaccineras med två olika vacciner skulle få ett mer omfattande skydd, speciellt mot de mer smittsamma SARS-CoV-2-varianterna som nu sprids från Storbritannien, Sydafrika och Brasilien.
Det finns dessutom en del praktiska fördelar med att kombinera av olika typer av corona-vacciner; det kan ge ett mer omfattande skydd; möjligheten att blanda och matcha olika vacciner kan göra vaccinationsprogrammen mer flexibla; det skulle påskynda processen och minska effekterna av eventuella störningar i försörjningskedjan, och det göra implementeringen av vaccinationsprogrammen mycket enklare.

EU börjar nu förbereda Europa för nya COVID-19 varianter

Med de nya muterade varianter som nu sprids, så är det relevant att ställa sig frågan, om vaccineringskampanjerna kommer att kunna hålla jämna steg med de många SARS-CoV-2 mutationerna.
Så en relevant fråga är om vaccinerna kommer att få corona-pandemin på reträtt och kraftfullt minska både dödlighet och sjuklighet i covid-19? Som det ser ut nu, så kan man anta att tillgängliga vaccin kommer att vara verksamma men att uppgradering av flera vaccin kommer att vara nödvändiga ju längre pandemin drar ut på tiden. Nuvarande scenario är att vaccinerna rejält kommer att reducera överdödligheten i pandemin, och de som trots allt smittas efter vaccination får en mildare form av sjukdomen, och färre avlider.
Men en viktig fråga är som sagt om vaccinerna kommer att vara tillräckligt verksamma mot de mutationer som vi nu känner, liksom de nya mutationer som vi troligen kommer att se under resten av 2021.

Det behövs mer än vaccin för att komma till ”zero covid”

Preliminära data från Israel antyder att vaccinerna delvis kan minska spridningen, men troligt är att vi ändå måste räkna med att även vaccinerade personer omedvetet kan bära och sprida virus. Detta kommer i så fall att innebära att mer åtgärder än verksamma vacciner och effektiva vaccinprogram behövs för att komma tillrätta med den globala COVID-19 pandemin. Ett kraftfullt fokus måste nu till för att förhindra spridningen av SARS-CoV-2 och den ökade virusförekomsten i samhället. För det måste vi utveckla effektiva metoder för att minska spridningen av virus via droppsmitta och aerosolsmitta.
Olika framtidsstudier och scenarioanalyser har pekat på risken för återkommande lokala virusutbrott, som under en tid framöver riskerar att utlösa nya och temporära ”lock-down” åtgärder. Det är därför troligt att samhället kommer att återgå till ett ”normal tillstånd” först när vi har implemnterat en kombination av åtgärder som; fungerande vacciner, effektiva metoder för omgivningssanering, liksom effektivt personligt skydd mot spridning av virus.
Vi kan ha ambitionen ”Zero COVID” även om vi inte lyckas eliminera SARS-CoV-2 i samhället. Mänskligheten får helt enkelt hantera denna nya situation, och leva med detta virus, precis på det sätt vi tidigare lyckats hantera och nu lever med många andra allvarliga infektionssjukdomar som till exempel TBC, influensa och HIV.

Referenser

Greshko M. COVID-19 will likely be with us forever. Here's how we'll live with it. National Geographic Jan 22, 2021. https://www.nationalgeographic.com/science/2021/01/covid-19-will-likely-...

France24. ‘Join up to speed up’: WHO urges Europe, pharma to collaborate on vaccines. France24, 05/02/2021; https://www.france24.com/en/europe/20210205-join-up-to-speed-up-who-urge...

World Health Organization. Episode #20 - COVID-19 - Variants & Vaccines. https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/media-re...

British variant - NERVTAG update on B.1.1.7 20210211. Feb 12, 2021. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploa...

Public Health England. Investigation of SARS-CoV-2 variants of concern in England. Technical briefing 6, 13 February 2021. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploa...

Hodcroft EB, Domman EB, Snyder DJ et al. Emergence in late 2020 of multiple lineages of SARS-CoV-2 Spike protein variants affecting amino acid position 677. medRxiv preprint doi: https://doi.org/10.1101/2021.02.12.21251658; version posted February 14, 2021.

Gorvett Z. Can you still transmit Covid-19 after vaccination? BBC Future Feb 3 2021. https://www.bbc.com/future/article/20210203-why-vaccinated-people-may-st...
The Guardian. Oxford Covid jab less effective against South African variant, study finds. Feb 06, 2021. https://www.theguardian.com/world/2021/feb/07/oxford-covid-jab-less-effe....

Boseley S. Coronavirus vaccine strategy needs rethink after resistant variants emerge, say scientists. The Guardian Feb 8 2021. https://www.theguardian.com/society/2021/feb/07/scientists-call-for-reth...

Boseley S. Covid: Oxford trial to test efficacy of mix of vaccines for individuals. The Guardian, Feb 4 2021. https://www.theguardian.com/society/2021/feb/04/oxford-trial-to-test-eff...

Ledford H. Could mixing COVID vaccines boost immune response? Nature Feb 4 2021. https://www.nature.com/articles/d41586-021-00315-5. https://doi.org/10.1038/d41586-021-00315-5

Mallapaty S. Vaccines are curbing COVID: Data from Israel show drop in infections. Nature News Feb 5, 2021. https://www.nature.com/articles/d41586-021-00316-4

Gallagher J. Oxford vaccine could substantially cut spread. BBC Feb 3 2021.
https://www.bbc.com/news/health-55910964

Kemp SA, Collier DA, Datir PP, Ferreira IATM et al. SARS-CoV-2 evolution during treatment of chronic infection. Nature 2021; https://doi.org/10.1038/ s41586-021-03291-y

Torjesen I. Covid-19: Should the UK be aiming for elimination? August 3 2020. BMJ 2020;370:m3071, http://dx.doi.org/10.1136/bmj.m3071

Healy M. California’s coronavirus strain looks increasingly dangerous: ‘The devil is already here’. Los Angeles Times Feb 23 2021

Mascola JR, Graham BS, Fauci AS. SARS-CoV-2 Viral Variants—Tackling a Moving Target. JAMA Published online February 11, 2021, https://jamanetwork.com/ on 02/24/2021

Zhang W, Davis BD, Chen SS, et al. Emergence of a novel SARS-CoV-2 strain in Southern California. JAMA. Published online February 11, 2021. doi:10.1001/jama.2021.1612

Publicerad av: 

Thomas Hedner 2021-03-06